Er zijn minstens tien verschillende genen die de vachtkleur controleren. Verschillende genen regelen de verschillende delen van de vachtkleur. Sommige genen maken de kleurpigmenten terwijl andere  genen de verdeling regelen van deze pigmenten in de individuele haren en over het hele lichaam.
Honden hebben twee mogelijke pigmenten in hun vacht. Het donker pigment heet Eumelanine en het lichte pigment heet Phaeomelanine. Sommige genen beïnvloeden het donkere pigment, andere het lichte en sommige beïnvloeden beiden. Wat ook van belang is, is het fenotype en het genotype. Het fenotype is hoe de hond er uitziet. Het genotype is de niet zichtbare genetische code die verantwoordelijk is voor wat je ziet. In sommige gevallen kan er meer dan één code genen zijn die dezelfde verschijning geeft.  
Iedere gen heeft een benaming:  A, B, C, D, E, G, M, S, V, T en K. Als er twee dominante genen zijn, dan komt de dominante tot uitdrukking. Als er één dominant is en de andere recessief, dan komt de dominante ook tot uitdrukking en de recessieve is verborgen. Het recessieve gen kan alleen tot uiting komen als er twee zijn.

Kort overzicht van de genen:

Er valt natuurlijk nog véél meer te zeggen over de kleurvererving bij de Engelse Cocker en de genetica in het algemeen.

De chocoladekleur bij de Engelse Cocker 

Met een chocoladekleurige Engelse Cocker wordt een hond bedoeld die een chocolade/leverkleurige vacht heeft én die een bruine neus, bruine oogleden, bruine lippen, bruine voetkussentjes en bruine (of heldere/witte) nagels heeft! Deze honden hebben dus overal het bruine of leverkleurige pigment [bb]. De chocoladekleurige Cocker kan nergens enig zwart pigment hebben. Met « chocolade » of  « bruin » (zoals in de uitdrukking « een chocolade of bruine Cocker ») verwijst men naar de kleur van het pigment. 

Als twee recessieve genen elkaar ontmoeten [bb] en [ee] heeft de hond een heldere vachtkleur (bijvoorbeeld rood of goud) met het bruine pigment. De neus kan iets lichter chocoladekleurig zijn; dit is in harmonie met de lichtere vachtkleur.

Chocolade kleurige Cockers hebben ook bruine (in verschillende nuances), hazelnoot of amberkleurige ogen. Deze zullen lichter van kleur zijn dan bij de zwart gepigmenteerde Cockers. Ze worden geboren met blauwe ogen.

De kleur van de neus en van de ogen is de belangrijkste factor om te bepalen of de Cocker echt chocoladekleurig is of enkel een slechte pigmentatie heeft.

Chocolade is GEEN verdunningskleur

De kleur “chocolade” of bruin wordt niet veroorzaakt door het pigment pheomelanine (dit veroorzaakt de geel-rood-oranje kleuren). De chocoladekleur wordt veroorzaakt door het eumelanine (zwart pigment). Dit zwart pigment zit in de “kleurcellen” in eiwitnetjes. De vorm van deze netjes bepaalt mee de kleur. Indien de netjes langgerekt zijn is het uitzicht zwart, indien ze eerder bol zijn is het uitzicht bruin-chocolade. De hoeveelheid aanwezig pigment verandert dus niet en in die zin is er geen sprake van verdunning.  

Een verband tussen chocoladekleur en immuunfalen (immuunzwakte, huidirritaties, allergieën,…) op zich is in de wetenschappelijke literatuur niet aangetoond.  

De kleuring van het oog bij een hond met het bruine pigment

De ervaringen waar gewoonlijk naar verwezen worden zijn reeds oud maar klassiek en de gegevens zijn sindsdien niet betwist.
Men herkent het bestaan van drie allelen op de locus Ir (= Iris), in de volgende volgorde van dominantie :

Tussen deze drie allelen is de dominantie niet compleet (= ze hebben onderlinge relaties van onvolledige dominantie), en, bijgevolg, komen de verschillende mogelijke combinaties overeen met verschillende schakeringen. Om alles ingewikkelder te maken, is de tussenkomst van modificatie genen bijna zeker (= enkele kleuringsgenen van de vacht die de kleur van de iris beïnvloeden). Men verklaart op die manier een bijna continue serie in de nuance, van een bleek geel tot een donkerbruin.

Men kan het idee in overweging nemen volgens hetwelke, in het algemeen, de kleur van de iris wordt doorgegeven onafhankelijk van de vachtkleur. Dat verhindert niet dat enkele invloeden van deze laatste gekend zijn :

-          b maakt de iris lichter : met ir^m zijn de ogen licht hazelnootbruin gekleurd, met ir^y zeer bleek geel. Het is dus vruchteloos om zeer donkere irissen te zoeken met een kastanjebruine vacht ;

-          d verdunt de kleur van het oog (« smoky eyes », namelijk « yeux fumés »).

Bron: Bernard Denis, Génétique et sélection chez le chien, p. 119 et p. 125

Kleur van de ogen en neus (pigment) bij de chocolade kleurige Engelse Cocker

De chocoladebruine puppy heeft blauwe ogen. Dit kan variëren van midden tot donkerblauw.

De blauwe iris verandert geleidelijkaan van kleur. De uiteindelijke kleur van de iris bij de chocoladebruine hond kan variëren van verschillende nuances van bruin (donkerbruin of kastanjebruin, middenbruin, hazelnoot, lichtbruin of amber) tot verschillende nuances van groen (donkergroen, olijfgroen, middengroen, grijsgroen, lichtgroen). Doordat bruine honden vaak een lichtere iriskleur hebben krijgen ze een heel zachte en 'menselijke' expressie. 

We merken op dat de binnenrand van de iris (d.w.z. net rond de pupil) vaak donkerder is dan de buitenrand van de iris (d.w.z. verste van de pupil). We stellen dit vast bij zowel zwart gepigmenteerde als bruin gepigmenteerde honden (zie voorbeelden hieronder). Het contrast kan zeer klein, maar ook tamelijk groot zijn.

Als je goed kijkt (op foto is het niet altijd goed te zien) is dus ook bij de zwart gepigmenteerde hond de binnenrand van de iris (d.w.z. net rond de pupil) donkerder dan de buitenrand van de iris (d.w.z. verste van de pupil). Het contrast tussen beide is echter vaak minder groot dan bij de bruin gepigmenteerde hond.

Bruine ogen

De meeste Cockerogen zijn bruin. Er zijn echter verschillende nuances waar te nemen. We stellen de volgende indeling voor :

° zeer donker bruin
De meeste zwart gepigmenteerde Cockers hebben zeer donker bruine ogen. Ze lijken bijna zwart. 

° donkerbruin of kastanjebruin
Net iets lichter zijn de donkerbruine ogen. Bruine ogen bestaan vaak uit irissen met twee bruine nuances. Zo kan de iris net rond de pupil zeer donker bruin zijn en is de buitenkant van de iris donkerbruin tot een soort warm roodbruin. In sommige gevallen is het zeer donker bruine deel een zeer smal stuk rond de iris en is het grootste deel van de iris egaal roodbruin. In sommige gevallen is de iris half donker bruin en half kastanjebruin. Irissen die bestaan uit twee nuances van bruin zou je kastanjebruine irissen kunnen noemen.

° middenbruin
Middenbruin is een nuance van bruin die tussen donkerbruin en lichtbruin ligt. De middenbruine iriskleur kan ook in combinatie met een donkerdere tint rond de pupil voorkomen. 

° lichtbruin of amber
Amberkleurige (of barnsteen) ogen (irissen) hebben eerder een egaal goud of koperen kleur. Het is een warme goudbruine (oranjebruine) kleur.
De lichtbruine iriskleur kan ook voorkomen in combinatie met een donkerdere nuance (midden- of donkerbruin) rond de pupil.

° hazelnoot
De kleur hazelnoot ligt tussen donker en licht bruin. Het is een meerkleurige iris, d.w.z. donkergroen (vb. olijfgroen) of middengroen rond de pupil en middenbruin of lichtbruin aan de buitenkant van de iris. Hazelnootkleurige ogen kunnen amber of goudkleurige vlekjes bevatten. De iris bestaat in feite uit twee kleuren nl. groen en bruin. Het is dan ook moeilijk de exacte oogkleur te definiëren. Dit kan kortweg gedefinieerd worden als « hazelnoot ». 
Bij bruin gepigmenteerde Cockers is de oogkleur vaak hazelnoot. Er bestaan echter verschillen in nuance van de donkere (rond pupil) en de lichtere kleur (verder van pupil) van de iris. Zo kan de iris een combinatie zijn van olijfgroen en middenbruin, van olijfgroen met amber, van middengroen met middenbruin, enz. Het contrast tussen beide kleuren (nuance van groen en nuance van bruin) in één iris kan klein of groot zijn.